Il Vespertilio di Daubenton vive nelle vicinanze dei corsi d'acqua e dei laghi (ne esiste una colonia superiore al centinaio di individui nel Ballynahinch Castle, dove proprio vicino si trova il Ballynahinch Lake); spesso trovano rifugio in edifici, ma comunque sempre vicini all'acqua, o in fessure sotto i vecchi ponti di pietra.
E' molto facile identificarlo a causa delle ali ampie e il suo volo caratteristico a pelo d'acqua; in questo modo si ciba degli insetti acquatici che vivono proprio vicino alla superficie, a volte catturandoli anche con i piedi. La dieta é costituita principalmente di moscerini e zanzare.